Первый город который ты мог пропустить-АПС, который открывается при выполнении 1го квеста Райтов, а второй-это анклав. Он не открывается на панели никогда,но до него можно добраться на танкере в сан фране.
первый город - действительно АПС, а вот второй слот вполне возможно предназначался для города, не вошедшего в игру (типа ЕПА, Племя, Монастырь, Колуза): если распоковать master.dat можно найти таблички с названиями!
)